一般民众对羊膜穿刺会有高危险性的印象，是和绒毛取样混为一谈，其实绒毛取样是在怀孕9到11周时所做，而且所取绒毛是将来发育成胎盘的细胞，危险性自然稍高。而羊膜穿刺是在怀孕第二期做的检查，此时羊水已超过200CC，抽取20CC的羊水去化验，其安全性自然比绒毛取样高得多。
羊膜穿刺的危险性有多少？
1.对母亲而言：
因羊膜穿刺而引起母亲的死亡在文献上还未被报告过。羊膜穿刺后比较常见的并发症是羊水少量漏出及轻微腹痛，但是一般都很轻微，只需躺着休息，很快会自动恢复正常，不会影响怀孕过程。至于引起羊水发炎的机率约为千分之一，但顶多是引起胎儿流产，不致危害母亲性命。
2.对胎儿而言：
目前羊膜穿刺都在超音波引导下进行，伤害到胎儿的可能性微乎其微，更不可能因此引起胎儿畸形。至于引起胎儿流产的危险性，在1979至1980年时，美国及英国曾做了统计，发现未做羊膜穿刺的人，在怀孕第二期自然流产机率约为3.2％，而做过羊膜穿刺的人流产率约为3.5％，大约增加0.3％，不过这些报告都是1980年代左右的报告，近年来由于超音波的解析力愈来愈好，且技术愈来愈纯熟，羊膜穿刺引起的流产率几乎和未做羊膜穿刺的人不相上下。我们自己统计了近两年来两千多例，并未发现做完羊膜穿刺一周内流产的病例。
羊膜腔穿刺检查的最佳时机在您最后一次月经开始后的14至18周之间。方法是医师利用超音波的监视，将针经由腹部插入子宫内，抽取20c.c.羊水作细胞培养及染色体分析。染色体的分析结果，一般需要四个星期的时间。
做完羊膜腔穿刺后，您可以恢复一般的日常活动。而大约有2％～3％的孕妇会有轻微子宫收缩，或阴道出血，这些情形通常在休息之后会缓解。而比较严重的合并症有羊膜发炎、早期破水、早产等，最严重的合并症是引起流产。调查研究显示，发生这些合并症的机率约为0.2％～0.5％。
羊膜腔穿刺检查可以帮助您确定一些胎儿的问题，但是仍有一些先天性的缺陷无法经由这个检查得知，例如：兔唇颚裂、先天性心脏病、多指(趾)、耳聋、智能不足等。因此羊膜腔穿刺术的结果正常，并不等于胎儿百分之百是绝对正常的。
需要做羊膜腔穿刺检查的孕妇如下：
(1)年满34足岁的高龄孕妇。
(2)曾生育唐氏症或是其他染色体异常之小孩。
(3)本胎次有生育先天缺陷儿之可能，如：异常的母体血清检查值（胎儿甲型球蛋白及绒毛膜性激素）。
(4)本人、配偶或家族中有染色体转位或其他染色体异常的带因者。
(5)近亲结婚。
(6)家族有遗传性单基因疾病如：地中海型贫血、血友病等。
(7)多次自然流产者。
(8)经医师遗传咨询诊断有需要者。
总而言之，羊膜穿刺是一项已有30年以上历史的技术，是安全性极高的检查，35岁以上、准爸妈任一方有家族遗传性疾病者、曾生下染色体异常小孩（例如唐氏儿）的孕妇都必须作，才能及早筛检出胎儿的异常状况，即时作处置，以免后悔莫及！
