由于咽部是饮食和呼吸的必经之路，跟外界相通，所以很容易藏匿病菌和异物，遭到病菌侵袭，引发炎症。
正常情况下，扁桃体黏液腺不断分泌，可将细菌随同脱落的上皮细胞排出，保持着机体的健康。但当身体因过度疲劳、受凉等原因而使抵抗力下降时，扁桃体就会遭受细菌感染而发炎。如果治疗不规范，细菌可能还会继续藏在扁桃体中，反复发作，最后成了慢性扁桃体炎。
出生后由于身体防御功能的需要，扁桃体在人3～5岁增大较快，免疫功能亦相对活跃。随着年龄的增长，其免疫功能逐渐为其他器官替代。腺样体6～7岁开始萎缩，扁桃体于青春期后亦逐渐萎缩，至成人后仅存少量残余组织。因此，扁桃体发炎常见于儿童和青少年中，常见的症状有吞咽疼痛、畏寒、发热、头痛等。慢性扁桃体炎表现为咽部干燥，有堵塞感，分泌物黏稠，不易咳出，口臭，其反复发作可诱发其他疾病，如慢性肾炎、关节炎、风湿性心脏病等，因此要积极治疗。一般治疗时首选头孢菌素，如果药物治疗效果不好，比如一个月发炎一次，甚至一年发病四五次时，就可以考虑切除了。
不少家长担心孩子扁桃体切除后会影响免疫功能，其实没必要。一般在5岁以后，扁桃体的免疫功能就比较弱了。虽然它以前是身体的“卫兵”，但随着年龄的增长，其免疫功能也在下降弱化。当其由防御器官变成感染的侵入门户和病灶时，坏处已经大于益处。如果手术适应征很明显(比如一段时期内经常发炎发烧，或者因扁桃体病变成为诱发其他疾病的病灶时)，就可以切除。正常来说，切除后对身体没有影响。
